消毒是漂浮育苗的重要环节。除育苗基质由生产厂家进行消毒后才能销售外，必须做好育苗棚、育苗池、苗盘、装盘播种场地、育苗用水、剪叶器械等的消毒工作。

1.育苗棚消毒。（1）塑料小拱棚的消毒。塑料小拱棚由于育苗场所不固定，因此，在选择地点上应注意场地的洁净。场地消毒可采用“施美地”熏蒸，也可喷洒广谱型杀虫剂、杀菌剂、除草剂。小拱棚育苗场地最简单有效的方法是用火烧，可一次性消除草害、病虫害。由于小拱棚育苗池每年必须使用新池膜、因此，新的干净池膜不需要消毒。（2）塑料大棚的消毒。原则是“长时间、多次、多种药剂”消毒。消毒时间不秒于2个星期，对于曾经发生过病虫害、特别是花叶病的大棚，应提前1-2个月翻池土、通风，用不同的消毒药剂进行重复消毒。大棚消毒一般采用“施美地”熏蒸或喷洒广谱型杀虫剂、杀菌剂、除草剂，也可采用开水烫池埂和池底土的方法，尽量将病虫害发生几率降到最低。

2.育苗盘消毒。（1）重复使用的育苗盘消毒。育苗盘应在使用后和第二年使用前分别进行消毒。使用后消毒应在烟苗移出苗盘后立即清洗，先去除粘附的基质和烟苗残体，然后喷洒广谱型杀虫剂和杀菌剂进行消毒。（2）消毒方法。用0.1%-0.5%的高锰酸钾或0.1%-1%的硫酸铜浸泡4小时以上；用1%-2%的福尔马林液喷洒后，再用塑料薄膜覆盖熏蒸24小时；用20%的漂白粉浸泡10-20分钟；用40%的“育保”150倍液浸泡10-20分钟，或用40%的“育保”150-200倍液均匀地喷在育苗盘上，以滴水为宜，有条件的地方，用塑料薄膜覆盖。消毒后，用清水冲洗干净，即可播种。消毒时间的长短可视上一年烟苗发病情况而定，若上一年苗期病毒发生较重，则延长消毒时间；若上一年苗期病毒病发生较轻或不发病，则适当缩短消毒时间。

3.育苗用其他物件消毒。主要针对使用过的拱架和薄膜等进行消毒，在播种前3-7天进行。一是用40%“育宝”100-150倍液或二氧化氯液（不同剂型施用浓度不同）进行喷雾消毒，消毒后不需要清洗。此方法药液有效期长、腐蚀性小。二是用漂白粉30-50倍液浸泡育苗盘，消毒后需要清洗，否则会影响烟苗长势。因漂白粉对手、衣物腐蚀性大，操作时要特别小心。三是用“斯美地”60倍液喷洒育苗盘，喷洒后用塑料膜覆盖保湿7天。

4.育苗用水消毒。漂浮育苗是在水中进行的，水质好坏直接影响烟苗的生长。用自来水等清洁水育苗时不必对水体进行消毒；若育苗用水清洁度较差，可按漂白粉10-20克/吨水进行水体消毒。用此方法消毒时，按可放40盘苗、未加苗盘前水深10厘米，约1吨水加入消毒剂后，搅拌均匀，消毒1-2天后，再适当搅动，让气体溢出，无刺激性气味后再放入播好种的育苗盘。漂浮育苗一般采用洁净水，加入营养液后会使池水的pH值升高或降低，影响烟苗生长，因此，应及时将水的pH值调整到6.5-7.5范围内。

5.装盘播种工作场地消毒。选择清洁、便于装盘播种操作和放盘入池的场地，并对场地、器具和操作人员进行严格消毒，防止在操作过程中病虫草害侵染。

6.育苗棚四周和过道消毒。在育苗盘完全入池、关闭棚膜后，还要在育苗棚四周和过道均匀撒施生石灰粉消毒。

7.剪叶器械消毒。主要是对剪刀、弹力剪叶器、电动剪叶机的消毒。可用40%“育宝”100倍液，或二氧化氯液（不同剂型施用浓度不同），或漂白粉30倍液，或75%酒精棉消毒。生产中，如果采用手工剪叶或弹力剪叶器剪叶，每剪一盘苗必须进行一次消毒；如果采用电动剪叶器剪叶，则每剪10盘或一池烟苗就要进行一次消毒处理。

8.管理过程中的消毒。漂浮育苗要采取集中管理，尽量减少人多手杂的现象，必要时应设置参观棚，但供大田移栽的烟苗要尽量减少人员参观。进入育苗场地前，需使用40%“育宝”，或二氧化氯液（不同剂型施用浓度不同），或漂白粉液对鞋底进行消毒。育苗场地和大棚的入口入必须设置鞋底消毒池。管理人员在每次接触烟苗前必须用肥皂水洗手，其他人员如果在剪叶过程中接触到病苗，必须将病苗拔除、用肥皂洗净手，并对剪叶器械消毒后，才能接触其他烟苗。