漂浮育苗水分管理应遵循“先少后多”的原则。从播种到烟苗大十字期时，由于气温较低，若池中水分过多，将使池水和基质中的温度低于气温，因此，池中水深要控制在5-10厘米。烟苗生长进入大十字期后，由于气温逐渐升高，水分的蒸发速度加大，池中水深可控制在10-15厘米，原则上使育苗盘与池埂平齐时，池水浓度正好合适。但是，也有一些烟区由于育苗初期温度过低，可采用湿润育苗，待烟苗出齐后再放入育苗池进行漂浮育苗。